Nach einem mehrjährigen USA-Aufenthalt und seiner Habilitation wurde er zunächst Primar im Kaiser-Franz-Josef-Spital in Wien und übernahm die Leitung des Ludwig Bolzmann-Institutes und 1992 die 1. Medizinische Abteilung, sowie die ärztliche Direktion im SMZ-Ost.
In seiner jahrzehntelangen Arbeit als Arzt hatte Karl Heinz Tragl auch mit prominenten Patienten zu tun – auch mit Politikern. Die Beziehung zu den Patienten sei aber im Wesentlichen immer einheitlich gewesen, sagte Tragl im Interview mit dem ORF Burgenland im Sommer 2006: „Es ist unabhängig vom Rang, von der Stellung, wie sich Menschen dann, wenn sie krank sind, wirklich verhalten. Dann sind sie wieder Menschen oder sie zeigen sich als Menschen, das macht wirklich keinen Unterschied“, so Tragl – mehr dazu in „Im Gespräch“ mit Karl Heinz Tragl.
Tragls burgenländische Heimat, vor allem seine Heimatgemeinde Wiesen, war ihm immer wichtig. Egal ob in Amerika oder in Wien, „ich habe immer alles Mögliche versucht, diese Heimat immer mit mir mitzunehmen“, erzählte Tragl im Jahr 2001.
Zahlreiche Auszeichnungen
Tragl hat neben seinem Beruf als leitender Arzt zahlreiche weitere Funktionen ausgeübt und wurde auch vielfach ausgezeichnet. 2002 erhielt er das Große Goldene Ehrenzeichen der Stadt Wien, 2006 die Billroth-Medaille. Im Juli 2010 wurde Tragl mit dem Komturkreuz des Landes ausgezeichnet. 2003 zog sich Tragl in den Ruhestand zurück.